Được Thiên Chúa gọi về lúc 3h sáng ngày 31.01.2013 tại tiểu Chủng Viện Vĩnh Long , thi hài Đức Cha Giacôbê Nguyễn Văn Mầu được đưa về quàn tại nhà thờ Chánh Tòa Vĩnh Long. Đúng 5 giờ sáng cùng ngày  xe hồng thập tự chở thi hài Đức Cha đã về tới nhà thờ Chánh Tòa.

Đón thi hài Đức Cha Giacôbê có cha Giuse Quản Hạt Hạt Vĩnh Long, cha Phanxiccô Chánh Văn Phòng TGM, cha Tôma Cha Sở nhà thờ Chánh Tòa cùng quý cha, quý nữ tu Dòng Phaolô, Dòng Mến Thánh Giá Cái Nhum, Cái Mơn, quý thân nhân, gia đình linh tông huyết tộc của Đức Cha đã ra tận xe để đón và tham dự nghi thức rước thi hài Đức Cha vào quàn tại nhà thờ Chánh Tòa, là ngai tòa đã gần gũi với Đức Cha hơn 33 năm.

Sau khi đặt linh cữu Đức Cha ngay giữa nhà nguyện, mặt hướng về phía giao dân như người cha đang nằm ngủ và hướng về đoàn con. Một người cha thân thương về với Chúa nhưng vẫn không quên đoàn con, Và thánh lễ đầu tiên cầu nguyện cho Đức Cha được cha Giuse Đinh Quang Lục chủ tể, cùng các cha và cộng đoàn hiệp dâng thánh lễ cầu nguyện cho Đức Cha.

Trong thánh lễ cha Phanxicô cựu thư ký của Đức Cha đã giảng về người cha một đời dâng cho Chúa, hơn nửa cuộc đời dâng cho Giáo Phận Vĩnh Long và cuối cùng đã về với Chúa nơi chính mảnh đất Vĩnh Long. Ngài đã sống đúng như khẩu hiệu Giám Mục của mình "Amor et Labor" (Yêu Thương và Lao Khổ).

Trước khi kết thúc Thánh Lễ Cha Giuse đã xông hương Đức Cha. Sau đó, từng cha rảy nước thánh trước linh cữu Đức cha. Trong tinh thần hiệp nhất và kính mến Đức Cha, cha Giuse mời gọi mọi người cầu nguyện cho Đức Cha với tinh thần của người con hiếu thảo thương mến, tạ ơn Chúa đã đưa người cha thân thương của giáo phận về với Chúa và không quên xin Đức Cha luôn nhớ đến đoàn con đang trên đường lữ hành này.

Theo chương trình của ban tang lễ:

- Mỗi ngày sẽ có 5 thành Lễ cầu nguyện cho Đức Cha tại nhà thờ Chánh Tòa Vĩnh Long

            + Lễ I: 5h 15
            + Lễ II: 10h 00
            + Lễ III: 14h 00
            + Lễ IV: 17h 15
            + Lễ V: 20h 30

* Các cha trong giáo Phận có thể dâng thánh lễ đồng tế hoặc đăng ký  (Tại bàn tiếp tân) cho họ đạo mình cùng dâng Thánh Lễ cầu nguyện cho Đức Cha theo các giờ như trên.